El logotipo oficial de la Red de Herbarios Mexicanos fue seleccionado de un concurso de diseño convocado en 2024 por la Red de Herbarios Mexicanos, resultando ganador la propuesta de Daniela Nalleli Villalobos Rodríguez, mientras que el segundo y tercer lugar fue ocupado por Daniela Pérez Monroy e Iván Vladimir Basulto Orozco respectivamente. Todos ellos se hicieron acreedores a premios en efectivo de acuerdo con las bases de la convocatoria correspondiente.

Diseñado por Daniela Villalobos, originaria del estado de Aguascalientes, el logotipo ganador fue presentado durante la Reunión Nacional de Herbarios que se llevó a cabo en octubre de 2024 en Linares, Nuevo León. El logotipo está inspirado en la imagen de un capítulo floral de Dahlia coccinea, o dalia silvestre roja. El razonamiento detrás de esta elección fue el siguiente: en primer lugar, la dalia ha sido elegida la flor nacional de México, por lo que parece solo adecuado que aparezca en la imagen de un sistema de instituciones dedicadas a la preservación y divulgación de las plantas del país.

Por otra parte, su estructura de flores agrupadas recuerda al sistema de herbarios que trabajan de forma conjunta en pro de objetivos comunes, benéficos para todos sus miembros. Escoger la flor en su estado silvestre en lugar de alguna de sus variedades cultivadas se debió al deseo de resaltar la labor de los herbarios en la preservación de las especies nativas de diferentes regiones del país, cuyas poblaciones silvestres a menudo se encuentran amenazadas por el crecimiento de los asentamientos humanos y la destrucción de sus hábitats naturales.